Intoleranța alimentară presupune o reacție de respingere a organismului față de anumite alimente, pe care nu le poate digera și asimila în mod corespunzător. Practic, la ingestia alimentului respectiv, are loc o reacție locală inflamatorie, care repetată, va duce la afectarea mucoasei intestinale, dar și la o reacție inflamatorie sistemică, cu repercusiuni asupra întregului organism.
Dacă alergia alimentară se manifestă prin simptome predominant cutanate și respiratorii (mai puțin de ordin digestiv) care se observă imediat de pacient, în cazul intoleranței alimentare, manifestările nu sunt la fel de bruște ca în cazul alergiei, sunt extrem de diverse și de aceea de cele mai multe ori sunt neglijate, nediagnosticate și ca atare netratate. Intoleranța alimentară spre deosebire de alergie poate avea diferite grade (de la 1 la 4) și de aici manifestări de diferite intensități. Dacă la alergia alimentară produsele incriminate sunt evitate toată viața, în cazul intoleranței alimentare acestea sunt eliminate o perioadă de timp în funcție de gradul de reacție al organismului, după care sunt reintroduse treptat, în cantități mici și rar.